El Doctorado en Sistemas y Ambientes Educativos es un programa interinstitucional, en modalidad mixta tutorial con actividades mayoritariamente a distancia y algunas de tipo presencial, resultado de las acciones emprendidas por la Red de Investigación e Innovación en Sistemas y Ambientes Educativos (RIISAE) para coadyuvar a la consolidación del Espacio Común de Educación Superior a Distancia (ECOESaD) en México. Se trata de un programa para la formación de investigadores basado en efectuar un trabajo sistemático, innovativo y original de investigación.

El campo temático del programa está limitado únicamente por la multiplicidad de interacciones entre la educación y las tecnologías de la información y la comunicación (TIC), entre las que se encuentran la gestión de políticas públicas en materia de virtualización de los sistemas educativos, la aplicación de las TIC en los procesos de enseñanza-aprendizaje, la educación (a distancia) mediada con tecnología, la apropiación tecnológica como proceso y producto educativo, la administración de sistemas y ambientes educativos mediados por TIC y las transformaciones en los sistemas y ambientes educativos como respuesta a la ubicuidad de las TIC, que permean todos los quehaceres de la sociedad. A través del doctorado se busca promover la construcción de una visión interdisciplinar e integral del complejo de interacciones entre la educación y las TIC mediante la exposición de los estudiantes a las distintas perspectivas disciplinares en torno a esta problemática y el fomento de la discusión, el trabajo colaborativo y el tratamiento interdisciplinar de los problemas en investigación.

El Sistema de Universidad Virtual, a través de su Instituto de Gestión del Conocimiento y del Aprendizaje en Ambientes Virtuales (IGCAAV), es la instancia que opera el programa en la Universidad de Guadalajara, en colaboración con los Centros Universitarios de la Costa Sur, del Norte y de los Valles, fundamentado en los  programas de investigación de la Universidad, varios de los cuales se realizan al interior de la RIISAE  y con el apoyo de la infraestructura de ECOESAD.